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密码子优化，指的是利用偏爱密码子（Preferred codons)，即避免利用率低的或稀有密码子，简化基因转录后的mRNA的二级结构，去除不利于高效表达的模体（Motif），加入有利于高效表达的模体，调整GC含量等这些方法重新设计基因。基因合成的商业化大大推动了密码子优化的适

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启动子序列缺失突变分析；转录因子的活性检测；信号通路的研究；药物筛选。

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