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对各种环境微生物生态系统（如土壤、活性淤泥、油藏、人和动物肠道、海洋湖泊、食品发酵、植物根系等）进行微生物群落多样性分析。

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ChIP染色质免疫共沉淀技术主要应用于验证及探寻体内环境中，蛋白质和DNA的直接相互作用，旨在探索特定蛋白质在DNA上的特定结合序列，常在研究转录调控以及组蛋白修饰中被应用到。实验过程大致为：交联-解交联-超声打碎-免疫沉淀-洗涤-DNA纯化-PCR检测。

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