使用美国Illumina公司根据最新的测序技术研制而成的Solexa测序仪，该技术目前可在每一张芯片获取50G 的碱基数据，超过传统Megabace 测序仪近千倍的工作量，并大大降低了成本。
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通过基于PacBio第三代测序和Illumina二代测序，根据菌株具体情况制定最优策略，最终得到一条完整的基因组序列（1 contig，0 gap），是细菌基因组测序的最高要求。
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